Le fondateur de la Phalange est assassiné le 20 novembre 1936, son corps est jeté dans une fosse commune à Alicante.
Après la guerre, il est décidé de déplacer ses restes à San Lorenzo de l’Escorial. Le 19 novembre 1939, ses restes sont exhumés à nouveau. Son cercueil, drapé de velours noir, est transporté par des phalangistes qui se relayent.
Les 10 jours du transfert sont déclarées deuil national. Le passage dans les villes a lieu dans le silence. Le 28 novembre l’escorte arrive à Aranjuez, puis à Madrid.
Le 30 Novembre 1939, le cercueil est enterré dans le monastère de l’Escorial.
Plus tard, il est décidé d’inhumé Jose Antonio à la Basilique de la Valle de los Caídos, qui sera inauguré le 1er avril 1959 par le Caudillo et consacrée par le Pape Jean XXIII le 7 avril 1960.
Le 29 Mars 1959, Jose Antonio est de nouveau exhumé puis emmené à Los Caidos. Les 14 kilomètres se font par étapes et à 3 km par heure.
Les sépultures de José Antonio Primo de Rivera et de Franco (depuis novembre 1975) sont situées au pied de l’autel, du côté de la nef.
Les ossuaires réunissent également les dépouilles de 33 872 combattants –des deux camps- inhumés anonymement dans des ossuaires.
En novembre 2006, le gouvernement a exigé de la Fundación Francisco Franco que la cérémonie religieuse traditionnelle en l’honneur des morts de la guerre civile ne mentionne plus explicitement le Caudillo ni le fondateur de la Phalange, Primo de Rivera, et que tous les insignes politiques et drapeaux de l’époque franquiste restent en dehors de la basilique.
Cette démarche eut lieu dans le cadre du projet de loi mémorielle déposé par le gouvernement Zapatero visant à retirer les symboles du régime franquiste des frontons des établissements publics appartenant à l’État espagnol.